В ведении Комитета находятся:
Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие по очистке и благоустройству водоемов "Ленводхоз"
Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие "Судоремонтно-судостроительный завод "Спецтранс"
Санкт-Петербургское государственное унитарное предприятие по предупреждению и ликвидации аварийных разливов нефти "Пиларн"
Санкт-Петербургское многопрофильное природоохранное государственное унитарное предприятие "Экострой"
Санкт-Петербургское государственное геологическое унитарное предприятие "Специализированная фирма "Минерал"
Санкт-Петербургское государственное унитарное природоохранное предприятие "Полигон "Красный Бор"
Дирекция особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга
